Científicos del ARS en Corvallis, Oregón, en colaboración con la Universidad Estatal de Oregón, desarrollaron una plataforma de vigilancia de enfermedades que podría mejorar la agricultura estadounidense al abrir camino al futuro de la sanidad vegetal.
PathogenSurveillance es una innovadora herramienta de software de código abierto que puede analizar e identificar rápidamente nuevas variantes microbianas basándose en secuencias de ADN.
El sistema automatizado PathogenSurveillance es una innovadora herramienta de flujo de trabajo que ayuda a los científicos a responder en tiempo real a patógenos y plagas invasores emergentes o reemergentes. Esta plataforma de vigilancia mejorará la salud de las plantas y contribuirá a reducir la propagación de enfermedades nuevas y emergentes en ecosistemas agronómicos, urbanos y forestales.
“Este proceso genómico revoluciona la sanidad vegetal, permitiéndonos identificar cualquier microbio, plaga o patógeno en cuestión de minutos u horas una vez que se dispone de la secuencia genómica”, dijo Nik Grunwald, fitopatólogo investigador del ARS en la Unidad de Investigación de Manejo de Enfermedades y Plagas de Cultivos Hortícolas en Corvallis. “El proceso genómico puede utilizarse para la biovigilancia en tiempo real de patógenos conocidos o desconocidos con relativa rapidez, lo que reduce drásticamente la barrera para la adopción y el uso de PathogenSurveillance ”.
Grunwald añadió que, dado que todo se basa en secuencias, esta herramienta permite monitorear la evolución de plagas y patógenos en tiempo real, lo que proporciona información sobre cómo cambian las poblaciones, surgen variaciones y se producen nuevas invasiones. La plataforma también se puede implementar fácilmente para identificar un patógeno específico o para monitorear la aparición de nuevas cepas o variantes de enfermedades.
“Las muestras se envían a un laboratorio local, y el genoma resultante se secuencia y se carga en el sistema de software de canalización para su identificación”, explicó Grunwald. “De este modo, la variación en los genomas se puede monitorear a lo largo del tiempo y el espacio mediante la comparación de genomas”.
Esto permite que PathogenSurveillance sea utilizado por laboratorios o clínicas con poca experiencia computacional y proporciona “una capacidad sin precedentes para el diagnóstico en el campo o en el punto de atención de plagas y patógenos”, según Grunwald.
La plataforma PathogenSurveillance también permite a los científicos ingresar de una a varios cientos de muestras de población de tamaños de genoma pequeños a modestos, incluidas bacterias, hongos, insectos y nematodos para la vigilancia e identificación de patógenos.
La salida del programa también es intuitiva para el usuario porque puede proporcionar gráficos de diversidad genética y crear informes en forma de documento HTML interactivo.
“Esto será un beneficio para los investigadores, las clínicas de enfermedades y los diagnosticadores en su trabajo para identificar variantes clonales u otros tipos de variantes como la roya del tallo UG99 o la NA2 de la muerte súbita del roble”, agregó Grunwald.
Los científicos pueden descargar la herramienta de software PathogenSurveillance en: https://nf-co.re/pathogensurveillance/1.0.0/.
Nota editorial:
Este artículo ha sido elaborado con fines divulgativos a partir de información pública y fuentes especializadas, adaptado al enfoque editorial del medio para facilitar su comprensión y contextualización.
