Investigadores del Centro de Genómica y Biología de Sistemas de NYU Abu Dhabi (NYUAD CGSB) y del Centro de Ingeniería Genética y Biotecnología de UAEU Khalifa (KCGEB), en colaboración con otras instituciones, han desarrollado un ensamblaje mejorado del genoma para la palmera datilera usando lectura larga tecnología de secuenciación.
por la Universidad de Nueva York
Esta mejora con respecto a las versiones actuales del genoma ayudará a avanzar en la investigación y también informará las prácticas de propagación de esta fuente esencial de alimentos de la región MENA.
Además, los investigadores han identificado los genes y las mutaciones que conducen al cambio de color y los niveles de azúcares principales en la fruta de la palma datilera, incluidos los genes de la enzima invertasa que descompone la sacarosa en glucosa y fructosa. El mapeo de estos genes de color y azúcar de la fruta se realizó mediante estudios de asociación de genoma completo (GWAS). GWAS se ha utilizado para mapear genes de enfermedades importantes en humanos, y esta es la primera vez que se aplica a las palmeras datileras.
Si bien las palmeras datileras ( Phoenix dactylifera ) son uno de los primeros cultivos de árboles domesticados en el mundo y siguen siendo un cultivo frutal importante en el norte de África y Oriente Medio, existen pocos recursos genómicos. Esto, combinado con largos tiempos de generación, ha limitado los estudios genómicos evolutivos de esta especie perenne. En el documento Mapeo de asociación de genoma completo de rasgos de fruta de palmera datilera, publicado en la revista Nature Communications , los investigadores informan que han producido un ensamblaje genómico mejorado para palmeras datileras que es 18 por ciento más grande y más contiguo que los ensamblajes genómicos existentes. Esta secuencia del genoma de lectura largaEl ensamblaje, junto con el acceso a dos grandes huertos de palmeras datileras maduras en los Emiratos Árabes Unidos, les permitió realizar un mapeo de asociación de todo el genoma en esta especie. Como resultado, mapearon con éxito el locus y los genes de determinación de sexo previamente identificados para los polimorfismos del color de la fruta y del nivel de azúcar.
El científico principal y profesor de plata de biología, Universidad de Nueva York y parte del Centro de Genómica y Biología de Sistemas de la Universidad de Nueva York en Abu Dhabi, Michael Purugganan comentó: «A medida que enfrentamos desafíos en la seguridad alimentaria para el futuro, tendremos que seguir estudiando el genoma de cultivos alimentarios como la palmera datilera para ayudarnos en nuestra lucha por proporcionar seguridad alimentaria en el mundo. Nuestro progreso en la expansión del genoma de la palmera datilera finalmente está revelando algunos de los secretos que explican cómo esta especie de árbol ha seguido prosperando en variados y desafiantes desafíos. ecosistemas «.
La secuenciación del genoma de la palmera datilera y el primer mapeo GWAS en este árbol frutal fue un esfuerzo internacional liderado por NYUAD y KCGEB, y también incluyó investigadores en los EE. UU., Suiza, Francia, Reino Unido, Arabia Saudita y México.
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