Los mapas físicos se crean en la investigación del genoma para ilustrar cómo se organiza la información genética en los cromosomas individuales. Además, los mapas genéticos muestran la probabilidad con la que las variantes genéticas pueden transmitirse juntas de un progenitor a su descendencia.
por Forschungsinstitut für Nutztierbiologie
Los mapas genéticos de alta resolución tienen muchas aplicaciones en la ciencia: ayudan en los análisis estadísticos para encontrar variantes genéticas que están relacionadas con ciertos rasgos de rendimiento o salud. También se pueden usar para calcular qué tan cerca están los animales entre sí y qué tan grande es la población reproductiva. Precisamente por eso, los mapas genéticos son relevantes no solo para la investigación, sino también para la cría de animales y el manejo de las poblaciones ganaderas. Los mapas genéticos son indispensables para desarrollar estrategias modernas de mejoramiento y mantener un recurso animal para asegurar la diversidad genética.
Basado en datos extensos del ganado Holstein alemán y del ganado Fleckvieh alemán/austríaco, el Instituto de Investigación de Biología de Animales de Granja (FBN) ha desarrollado una plataforma que permite a los usuarios explorar de forma interactiva el mapa físico-genético combinado de estas razas de ganado.
La aplicación CLARITY interactiva es una herramienta valiosa para la educación y la investigación.
Al integrar continuamente datos de diferentes razas de ganado, la aplicación también permite su comparación y visualiza la diversidad genética. CLARITY es, por lo tanto, una herramienta valiosa para la educación y la investigación sobre genomas bovinos y está abierta a la expansión para incluir otras especies animales. A través de una interfaz de usuario de diseño intuitivo, los usuarios pueden seleccionar y personalizar funciones individuales con simples clics. Los resultados pueden descargarse en formatos comunes y utilizarse de forma gratuita (licencia CC-BY 4.0).
«La aplicación no es un catálogo estático de información. Ofrece al usuario posibilidades únicas para abrirse camino en los mapas genéticos de acuerdo con sus propias ideas. Por ejemplo, se pueden seleccionar áreas del genoma o regiones interesantes con una mayor probabilidad de recombinar variantes genéticas. se puede ampliar», explica el Dr. Dörte Wittenburg, quien desarrolló la aplicación en colaboración con un equipo internacional de científicos de FBN.
» Este proyecto convenció de inmediato a las asociaciones de ganaderos y proporcionaron datos genéticos de cientos de miles de animales, por lo que los resultados tienen un alto grado de precisión», explica el Dr. Wittenburg. Las numerosas funciones de la aplicación se describen en un artículo publicado en la revista Frontiers in Genetics .
Más información: Nina Melzer et al, CLARITY: una aplicación brillante para la visualización interactiva del mapa físico-genético bovino, Frontiers in Genetics (2023). DOI: 10.3389/fgene.2023.1082782
