Los científicos del Grupo de Genómica de Vida Silvestre Australasiana de la Universidad de Sydney han cargado los genomas completos de 116 koalas al dominio público para acelerar la investigación genómica vital para apoyar a las especies amenazadas.
por la Universidad de Sydney
Esto se produce solo tres años después de que se publicara el primer genoma de referencia completo del koala gracias al trabajo conjunto de la Universidad de Sydney y el Museo Australiano.
En los próximos meses, 450 genomas estarán disponibles en servidores proporcionados por Amazon Web Services, que apoya activamente la investigación genómica vital al cubrir los costos de almacenamiento y descarga asociados con el alojamiento de un gran conjunto de datos en la nube.
Los científicos podrán acceder a los datos a través de cualquier navegador web y utilizarlos para investigar cuestiones clave relacionadas con la interacción entre la diversidad genética y las enfermedades de los koalas, la reproducción, los alimentos que comen y cómo podrán adaptarse a un clima cambiante.
La co-investigadora del programa, la Dra. Carolyn Hogg, de la Facultad de Ciencias de la Vida y el Medio Ambiente de la Universidad de Sydney, dijo: «Este proyecto está desarrollando un mapa de estudio del genoma de los koalas en su área de distribución. Podemos utilizar la información para descubrir y proteger las poblaciones que tienen variantes genéticas importantes, que son esenciales para que los koalas puedan adaptarse a un entorno cambiante.
«Al colaborar con AWS Open Data Sets, podemos hacer que los datos estén disponibles públicamente tan pronto como hayamos secuenciado las muestras para ayudar a acelerar la investigación de esta especie icónica».
Iain Rouse, director nacional de AWS ANZ para el sector público, dijo: «El proyecto de la biblioteca del genoma del koala de la Universidad de Sydney es un ejemplo increíble de cómo la tecnología en la nube y los datos abiertos pueden acelerar el procesamiento de datos de investigación de semanas a horas, y permitir a los investigadores australianos colaborar en conocimientos con la comunidad conservacionista mundial para acelerar los resultados de la investigación.
«Sería una tragedia si Australia perdiera un animal tan icónico como el koala. Estamos orgullosos de que el programa de patrocinio de AWS Open Data haya permitido, no solo el fantástico trabajo de la Dra. Carolyn Hogg y el equipo de la Universidad de Sydney, sino también hacer que los datos sean más accesibles aquí en casa y en el extranjero, lo que acelerará los resultados para los koalas y otras especies en riesgo «.
Anunciado en febrero de 2021, el programa recibió $ 674,000 en fondos del Gobierno de Nueva Gales del Sur y $ 348,450 del Gobierno de la Commonwealth.
La ministra federal de Medio Ambiente, Sussan Ley, dijo que el programa era parte de una inversión de 18 millones de dólares en iniciativas de koalas por parte del gobierno de Morrison.
«Mientras el Comité de Especies Amenazadas revisa el estado de protección de los koalas y mientras trabajamos para mapear las poblaciones y restaurar el hábitat, el equipo de investigación de la Universidad de Sydney está compartiendo datos para que otros miembros de la comunidad científica puedan ayudar a proporcionar nuevos conocimientos para ayudar a desbloquear información sobre el salud y resiliencia de las poblaciones de koalas «, dijo la ministra Ley.
El ministro de Trabajo, Inversión, Turismo y Western Sydney de Nueva Gales del Sur, Stuart Ayres, dijo que este importante hito aceleraría la investigación y llevaría los esfuerzos de conservación del koala al siguiente nivel.
«Estimular y apoyar la investigación de vanguardia es una parte vital para resolver los desafíos ambientales hoy y en el futuro», dijo Ayres.
«El gobierno de Nueva Gales del Sur se enorgullece de apoyar la protección de los koalas a través de esta colaboración entre la investigación y la industria, que mejorará la capacidad bioinformática del estado y brindará a los investigadores acceso abierto a datos importantes».
El científico e ingeniero jefe de Nueva Gales del Sur, el profesor Hugh Durrant-Whyte, dijo: «Actualmente hay información limitada sobre la densidad de población, la diversidad genética y el estado de salud de los koalas en Nueva Gales del Sur. Esta investigación es un primer paso importante para duplicar la población de koalas de Nueva Gales del Sur para 2050 . «
El koala se enfrenta a un aumento de las amenazas de la tala de tierras, el cambio climático, las enfermedades y las limitaciones a la diversidad genética de la especie para adaptarse.
El trabajo genómico en la Universidad de Sydney, dirigido por la Dra. Carolyn Hogg y la Profesora Kathy Belov, es parte de un programa más amplio para mapear los genomas de más de 50 especies amenazadas como parte de la Iniciativa de Especies Amenazadas.
El profesor Belov dijo que el próximo año el programa se centrará en los genomas de otras especies, incluidos el bilby, el numbat y el extinto en el salvaje eslizón de la Isla de Navidad.
